1940年，六十七岁。组织“南洋华侨回国慰劳视察团”，并率团返国到重庆、延安等地视察慰问。

    1941年，六十八岁。被推为南侨总会第二届主席。组织南洋闽侨总会。创办南洋华侨师范学校。12月，太平洋战争爆发，领导组织新加坡华侨抗敌总会。

    1942年，六十九岁。新加坡沦陷，避居爪哇三年，写成《南侨回忆录》和《住屋与卫生》。

     1945年，七十二岁。日本战败投降，重返新加坡。11月18日，重庆各界召开“陈嘉庚安全庆祝大会”，毛泽东主席特送条幅，题“华侨旗帜 民族光辉”八个大字。

    1946年，七十三岁。创办新加坡《南侨日报》。

    1947年，七十四岁。召开新加坡华侨大会，反对荷兰殖民军屠杀印尼巨港华侨暴行，议决准备对荷兰实行经济制裁。为集美各校开拓经费来源，在香港创办集友银行，实行以行养校，是史无前例的创举。

    1949年，七十六岁。抗日战争胜利后首途回国。9月在北京出席全国政协第一届全体会议，被选为常务委员。

    10月1日，参加中华人民共和国中央人民政府成立典礼，被选为中央人民政府委员、华侨事务委员会委员。

    1950年，七十七岁。最后一次出洋新加坡，结束未了事务。当年回国定居故乡集美村，亲自主持集美、厦大两校校舍的修建。

    1954年，八十一岁。9月，出席第一届全国人民代表大会第一次会议，当选为全国人大常委会委员。

    1955年，八十二岁。视察东北、华北、西北、西南等地。 1956年，八十三岁。当选为中华全国归国华侨联合会主席。

    1959年，八十六岁。当选为全国政协副主席。创立厦门华侨博物院。

    1961年，八十八岁。在北京逝世，遗体移集美鳌园安葬。