从1999年与鼓浪屿之子——国际著名钢琴大师殷承宗为纪念萧邦逝世150周年“九八”国际音乐周的成功合作和2000年为庆祝殷承宗钢琴艺术生涯50年举行的巡回演出，乐团的演奏水平得到迅速提高，吸引了多位厦门籍音乐家的回归合作，更加突显了厦门鼓浪屿“东方音乐岛、钢琴之乡”的形象。为六一国际儿童节拍摄的专题片——《鼓浪屿之波》和为迎接新千年，乐团在海沧大桥上奏响了刘长远献给厦门海沧大桥建设者的小提琴协奏曲《诗篇》、贝多芬的《欢乐颂》，都通过了中央电视台，以它恢宏的气势和优美的画面向国内外进行了转播，扩大了厦门的影响。

　　自2000年开始的三年间，乐团在福建、广东、湖南、湖北、江苏、浙江、四川等七省19个城市举行了20多场巡迥演出，播撒了“厦门爱乐”的种子。所到之地都受到听众们的热烈欢迎和舆论的高度评价，同时无不为厦门市民能拥有这样的指挥大师和乐团，能享有如此高尚的音乐生活而感到无比的欣羡，舆论说:没想到这个年轻的乐团，已在向国内一流演奏水平迈进。外宾们也赞扬道：“从你们高水平的表演中，我们看到了中国文化事业的飞速发展！”厦门爱乐乐团在郑小瑛教授卓越的领导下，正以它的实践和活力逐渐向世人展示了一个全新职业交响乐团的形象，并被国内外舆论所瞩目，认为它正在向国家一流交响乐团的水平迈进。

　　2001年9月8日厦门听众以空前的热情欣赏了厦门爱乐乐团成立三周年的“中西合璧”音乐会。音乐会由年逾古稀却仍精神矍铄的乐团艺术总监郑小瑛教授执棒，她率领双管编制整齐的68位演奏员，精彩地演奏了郭文景的 “御风万里”和里姆斯基.科萨可夫的“天方夜谭”，并与特邀来厦的琵琶演奏家章红艳、二胡大师闵惠芬合作了“大浪淘沙”、“霸王卸甲”、“哀歌－江河水”和 “寒鸦戏水”、 “赛马”等华夏民族精品，音乐会上一浪高过一浪的热烈掌声，让音乐家欲罢不能、感慨万分。2000年11月，由郑小瑛教授亲自策划推动、由我国青年作曲家刘湲作曲的交响诗篇《土楼回响》在闽西龙岩的第十六届世界客属恳亲大会上的首演成功，在华人和我国音乐界引起了巨大反响；2001年春，由“厦门爱乐”录音的这首交响乐，在首届中国音乐《金钟奖》器乐作品评奖中，毫无争议地获得了唯一的金奖，为我国民族交响乐的发展又增添了一朵绚丽的奇葩。

　　乐团经营——厦门爱乐乐团诞生于没有固定经费保障的风雨飘摇之中，虽然厦门市领导认为厦门特区正在建设一个现代化、国际性的风景港口城市，需要一个高水平的交响乐团,但由于美丽的鹭岛原来很少听到交响音乐会，因而 “厦门爱乐”被社会认可的过程漫长而寂寞，乐团四年多没有固定团址，经常在全国乐队中最差的排练条件下工作，甚至被人称为“吉普赛”乐队，但乐团并没有因而却步，每一次生存危机都由于厦门市和鼓浪屿区政府的坚定支持而化险为夷，再加上热心的企业家们的鼎力相助和乐团始终坚持以事业为重，不讲条件、勤俭办团,才逐步得到了社会的认可,获得了生存和发展的空间。尽管经费十分拮据，在全体演职员齐心合力、团结奋斗下，坚持了艺术总监负责制，保证了乐团的艺术方针和艺术生产得以在统一领导下按计划高质量、高效率地进行。

　　乐团日趋稳定和进步还由于它实行的是不占国家编制的全员聘任制，使竞争上岗、人才流动的优越性成为现实；同时，将原固定工资制改为基本工资加排演计时津贴的结构工资制度，体现了按劳分配的精神，到2003年，人均月收入已超过3000元,保证了乐团高强度的集体劳动节奏，也受到了演奏员的欢迎；还有，每年一度与待遇挂钩的，认真考察演奏员工作成绩和合奏能力的业务考核，也给演奏员专业水平的提高不断注入新的活力。严格的教育管理和稳步取得的成绩，也使乐队演奏员们的敬业精神和以乐团为荣的意识大大加强，在年终小结中有人写道：“我骄傲我是爱乐人”，“这是我值得向家人炫耀的一年”，“我们没有太深的资历，没有雄厚的资金，但我们为共同目标付出的艰辛努力，没有人能够抹煞”；“我们为了光明的未来而齐心奋斗的精神，将成为乐团最宝贵的财富”。在人生观上也有了更深的领悟：有人说：“在这里，每个人的生命价值得到了最充分的实现”，“厦门爱乐給了我们一个展示人生的大舞台，每天都过得很充实”，“累，但值得，真正体会到工作是一种幸福，我们从观众的掌声中得到了满足”，“一个人在工作中获得了成绩，比任何事情都更让你兴奋”。